Geçen on bir yılın ardından, 2104 yılında, Prometheus'un trajik olaylarının izleri hala derin uzayda taze iken, USCSS Covenant adlı derin uzay kolonizasyon gemisi Origae-6 adlı uzak bir gezegene doğru yola çıkar. Binlerce kolonici, bu yeni dünyada yaşam kurmak için kriyojenik uykuda beklemektedir. Ancak mürettebatın kaderi, gizemli ve hain bir iletimle şekillenir. Covenant ekibi, Dünya'ya benzer bir gezegenin cazibesine kapılır ve bu gezegeni keşfetmeye karar verir. Ancak, bilmedikleri bir şey vardır: Bu yolculuk, yaşamak için son derece tehlikeli ve anlaşılmaz bir biyolojik tehdidi içerir. Şimdi, başta barışçıl bir keşif görevi olarak başlayan bu yolculuk, çaresiz bir kurtarma operasyonuna dönüşme yolundadır.
