Birkaç ülkenin ortak yapımı olan filmde Sebastiano Rodrigues ve Francis Garrpe adındaki iki önemli rahip baş kahramanlarımız arasındadır. Tokugawa Şogunluğu egemenliği altında bulunan ve 1600'lü yıllardaki Japonya'yı ziyarete çıkarlar. Ancak burada gördükleri manzara hiç hoşlarına gitmez. Çünkü Japon hükümeti Avrupa'dan gelen her türlü unsura karşı olduğu gibi Hristiyanlık dinine de karşıdır. Hatta bu dini kabul edenlere karşı baskı ve işkence bile yapılmaktadır. Bunları gören rahip Rodrigues, neden Tanrılarının kendi dinine inananlara yapılan bu işkencelere sessiz kaldığını sorgulamaya başlar.
