Spock'un son fedakarlığından sonra, Amiralin Kirk ve Enterprise ekibi gemilerinin bazı önemli onarımlarını yapmak için Dünya'ya dönerler. Spacedock'a vardıklarında, Enterprise'ın emekliye ayrılması gerektiğini öğrenince şok olurlar. Daha da kötüsü, Doktor McCoy garip davranmaya başlar ve Scotty başka bir gemiye atanmıştır. Kirk, Enterprise'ı geri çalmak zorunda kalır ve Spock'u kurtarmak ve onu Vulcan'a getirmek için uzaya doğru yol alır. Bu sırada, Klingonlar Genesis Cihazı'nın sırlarını kendi ölümcül amaçları için çalmak için plan yapmaktadırlar. Enterprise, yolculuğuna devam ederken uzak galaksilerden gelen gizemli bir sinyal alır.
